El Reglamento de Régimen Interior tiene por objeto regular la organización y el funcionamiento del Colegio San José de Cluny y fomentar la participación de todos los que forman la comunidad educativa.

En él se definen los derechos y deberes de todos los componentes de la comunidad educativa, la composición y funciones de los órganos de gobierno colegiados, el nombramiento y funciones de los órganos de gobierno unipersonales.